«Герои меча и магии III: Возрождение Эрафии» содержали некоторые баги, которые в определённых ситуациях серьёзно нарушали игровой баланс и даже породили основанные на них стратегии ведения игры. К наиболее серьёзным из них относятся следующие.
* При осаде замка выстрел катапульты, направленный в основную башню замка, обязательно попадал и разрушал малую боковую башню. Это существенно ослабляло обороняющуюся сторону.
* В режиме тактического построения при осаде циклопы могли атаковать стены и башни замка, полностью лишая защищающуюся сторону укреплений ещё до начала битвы.
* При поражении и перевербовке в таверне герой получал некоторое количество низкоуровневых войск. Для героев, чьей специализацией как раз были низкоуровневые войска (например, гремлины или скелеты), это количество было весьма значительным. При наличии денег перевербовка давала возможность отсадить все войска, кроме одного представителя, в замок, атаковать близлежащего монстра, сбежать с поля боя (для этого монстр не должен стрелять или быстро перемещаться), затем перевербовать героя с новой порцией войск и повторять это, пока есть деньги на перевербовку. Такая стратегия в среде игроков получила название англ. Gremlin Rush («гонка за гремлинами»), поскольку именно этот тип войск является наиболее подходящим для неё.
* В режиме мультиплеера наблюдались вылеты в Windows при различных обстоятельствах.
* Если во время боя нажать кнопку «магия» при зажатой на клавиатуре клавише С , то магию можно запустить два раза за ход. Поправлено в платиновой версии.
* Если на берегу выкопать яму (используя режим поиска Грааля), то в это место нельзя будет высадиться с корабля. Это позволяет изменять ландшафт местности — «окапывая» свои берега и тем самым предотвращая нежелательную высадку противников в определённую местность.
* ИИ, когда оценивает силы противника при штурме замка, неправильно оценивает мощь последнего. А если оставить себе несколько самых скоростных юнитов, а всё остальное посадить на замок — ИИ ошибается ещё больше. Более того, при расчёте соотношения сил при штурме замка ИИ, скорее всего, не делает поправку на процентное соотношение летающих/стреляющих юнитов к общему числу юнитов, если не прокачано умение баллистики. В довершение всего, ИИ, очевидно, не подозревает о минах в замке магов, о том, что големы плохо пробиваются магией, о том, что необходимо стрелками стрелять в палатку, если её влияние критично (у обороняющегося героя прокачано умение первой помощи), и не догадывается о двойном рве на болоте, наконец, о том, что если в замке много стрелков или сильных летунов или сильных и быстрых бегунов, катапульта не прокачана и нет ни заклятия «Землетрясение», ни циклопов, то катапульта будет быстро уничтожена, и всю армию разобьют башни. Чтобы увеличить шанс ИИ неправильно оценить расклад сил, необходимо против мага максимально разделять отряды, против всех — разделять отряды в соответствии с рангами количества (1-4, 4-9, т.д.), к примеру: у героя 4 юнита, на замке 99. ИИ, скорее всего, для оценки количества юнитов берёт средние значения диапазона. Баг не поправлен вплоть до платиновой версии.
* Атакуя замок, ИИ не берет в расчет стены (и башни), и атакует при тех же условиях, при каких атаковал бы обычного героя. Поэтому защищаться от нападающего компьютера в замке (имея 7 отрядов по 1 стальному голему, например, и неплохого мага или артиллериста в гарнизоне), сущее удовольствие.
* При продаже имеющихся у героев артефактов в специальном строении «Торговец Артефактами» (в городах «Башня», «Подземелье» и «Сопряжение») за золото или ресурсы, можно продавать дешёвые артефакты (например, свитки и предметы класса «Treasure») по цене дорогих. Способ подобных транзакций описан не будет.
* Если сбежать от монстров с улучшенным стеком, их количество уменьшится дополнительно на величину улучшенного стека. Не действует в строениях.
* В начале игры стартовый герой может не иметь первый уровень. Это связано с тем, что он посажен генератором в тюрьму. В этом случае тюрьма будет пустой.
* Иногда генератор случайных карт не проводит дорогу к стартовому замку, хотя должен. Также иногда игрок стартует с двумя замками,
в героях 3 много багов